L'any 1880 es troba documentat un hospital en la població de Banyoles. El seu estat de precarietat va obligar l'alcalde, el 1881, a sol·licitar l'ajuda de les Germanes de Sant Josep per atendre els malalts.Passats els anys i considerant la realitat de deficiència assistencial, l'Institut de Religioses de Sant Josep de Girona decideix construir una clínica per donar atenció sanitària a la comarca.

1964: S'inaugura i es beneeix l'edifici, equipat amb tots els mitjans tècnics del moment.

1980: Reestructuració funcional de la Clínica.

1981: S'inicia la col·laboració amb el CatSalut.

1987: Comença el programa "Vida als anys".

1988: Ampliació de la Clínica.

1994: S'emprèn una nova modernització.

1994/1995: Nous quiròfans, nova planta sociosanitària.

1995/1996: Ampliació d'urgències i noves instal·lacions de traumatologia.

1997: Comença a funcionar l'hospital de dia sociosanitari.

1998: Es realitza l'última remodelació, per donar un servei adequat a les necessitats actuals i adaptar-se al concert del Servei Català de la Salut.

1999: A partir d'aquí i fins ara, es comencen a incorporar nous serveis per satisfer les necessitats de la comarca.

2001: El 6 de juliol s'amplia l'Hospital de dia i es creen noves instal·lacions. La rehabilitació com a servei públic a la Comarca Pla de l'Estany.

2008: Incorporació a la XHUP (Xarxa Hospitalària d'Utilització Pública).